日本佔領台澎之後，開始建設南部高雄港，並於昭和9年(1934)成立高雄稅關。明治37年(1904)日本政府在媽宮城南側，即敘門之東的媽宮港填海築港，明治38年(1905)在築地町處(現址)興建媽宮港稅關派出所辦公廳。馬公港是澎湖對外的主要出入之地，受到高雄稅關的管轄，改制為高雄稅關馬公支署。民國35年(1946)，高雄關稅局與馬公支關接收日治時的海關關產。民國81年(1992)馬公支關改隸為稽查組轄下之巡緝課巡緝七股。
　建築主體為一層樓，在邊角處有四方形狀的兩層結構，做為昔時暸望港口之用，建築形式屬於洋式風格。主要材料結構為鋼筋混凝土，以承重牆為主要構造。屋頂為斜屋頂，使用水泥製的黑瓦；門廊立面透空，採用圓拱形的設計，設計成對外業務處理的窗口；外部設有拱形窗以及拱心石的裝飾手法；建築物四周樑柱的地方，砌有斜柱來補強建築物的結構，且搭渦卷形的柱頭裝飾。建築物的正面原為洗石子材料，光復後外牆改成水泥漆。此建築物可說是日治時期最先使用洋式風格的官方房舍。